Den årliga stämman är Huvudvärksförbundets högsta beslutandeorgan.  Den ordinarie stämman genomförs under maj månad men däremellan kan styrelsen kalla till extra stämma om minst hälften av föreningarna kräver detta.

Till stämman utser föreningarna ombud. Ombuden beslutar sedan vilka personer som ska ingå i förbundets styrelse och godkänner verksamhetsberättelse, ekonomisk redovisning, verksamhetsplan och budget.

Huvudvärksförbundet biträds i verksamheten av ett kansli. På kansliet finns tre halvtidsanställda, 50% vardera.